熵灭环崩塌后的第108天，太平洋马里亚纳海沟深处的声呐监测网捕捉到异常信号。不同于以往的机械波动，这次的频率呈现出类似生物心跳的节奏，且每一次震动都与全球地震监测台网的微小异常完美契合。白景明实验室中的万象之钥突然悬浮而起，钥匙表面的DNA链状纹路渗出带着咸腥气息的蓝色荧光，在地面投射出不断重组的海洋地形图。
“深海探测器传回的画面...简直像噩梦。”阿贵的声音从“深渊勘探者号”潜艇中传来，全息投影里的他眉头紧锁，纳米战甲表面凝结着发光的黏液状物质，“海沟底部出现了巨型生物与机械融合的结构体，它们的皮肤是半透明的生物组织，下一秒就会硬化成金属外壳，还能释放干扰脑电波的次声波。”妹妹的通讯紧随其后，她正在复活节岛的水下考古现场，手中拿着新打捞的青铜器物：“这些文物上的刻痕与声呐波形一致，古抄本最新显现的象形文字记载，海沟深处沉睡着‘混沌之卵’，是远古时期用于重启世界的禁忌装置。”
三人在位于夏威夷的海底基地会合时，基地的抗压玻璃外，无数发光的机械水母正成群结队地游弋。这些生物的触须末端连接着微型数据收集器，每一次摆动都在扫描基地的防护系统。突然，整个基地剧烈摇晃，警报声大作，监测屏幕显示海底地壳出现异常隆起，一个直径超过百公里的巨型圆顶结构正在冲破海床。
“那东西的能量读数比熵灭环还要高三个数量级！”阿贵盯着仪表盘，手指在操作面板上飞速敲击，“它的外层是生物钙化层与暗物质合金的混合体，内部...检测到类似恒星核心的核聚变反应。”白景明将万象之钥放置在能量分析装置上，钥匙与圆顶结构产生强烈共振，投影出的全息图像显示，圆顶内部存在十七个正在缓慢旋转的“卵室”，每个卵室中都包裹着散发着诡异光芒的胚胎状物体。
当“深海利刃号”钻探船试图靠近圆顶结构时，海面突然沸腾，一只足有城市大小的机械章鱼破土而出。它的八只腕足布满发光的鳃裂，每一道鳃裂都是通向未知空间的传送门，从门中不断涌出机械鲨鱼、电子乌贼等改造生物。阿贵驾驶着特制的战斗潜艇迎击，纳米战甲的能量炮击中章鱼腕足后，伤口处竟快速生长出更坚硬的金属装甲，同时释放出能腐蚀合金的酸液。
白景明在战斗中注意到，机械章鱼的眼睛与万象之钥的黑色裂痕产生共鸣。他集中精神，通过左眼的高维视角看到，整个海洋生态系统正在被改造成巨大的神经网络，而圆顶结构就是这个网络的中枢。更可怕的是，在地球的地幔层中，无数细小的机械菌丝正在蔓延，试图将地核能量转化为启动“混沌之卵”的燃料。
妹妹在海底基地的实验室中，通过分析打捞的青铜器物，发现了关键线索。这些器物上的象形文字记载，远古文明曾用“混沌之卵”终结过一次宇宙熵增，但代价是毁灭了当时的所有生命。她紧急破译出一段古老咒语，需要用七种不同文明的圣物作为媒介，才能暂时压制“混沌之卵”的觉醒。
三人立即分头行动。白景明前往埃及，寻找传说中能控制水元素的“阿努比斯之泪”；阿贵奔赴北极，探寻被冰封的亚特兰蒂斯能量核心；妹妹则留在复活节岛，守护着岛上神秘的摩艾石像——这些石像的眼睛中，封存着波利尼西亚文明对抗海洋灾难的终极力量。
在埃及的帝王谷，白景明遭遇了由木乃伊改造的机械守卫。这些守卫手持的权杖能操控沙暴，将普通的沙子变成切割金属的利刃。白景明挥动万象之钥，在与守卫的战斗中意外触发了隐藏的地下密室。密室中央的石棺中，存放着一颗散发着幽蓝光芒的水晶，正是“阿努比斯之泪”。但当他拿起水晶的瞬间，整个帝王谷开始震动，无数机械甲虫从地底涌出，组成巨大的吞噬之口。
阿贵在北极的冰层深处，发现了亚特兰蒂斯的残骸。这座沉没的城市已被改造成巨大的冷冻实验室，里面关押着各种被机械改造的史前生物。他在与机械猛犸象的战斗中，找到了藏在城市核心的能量水晶。但水晶取出后，冰层开始快速融化，释放出更多的远古机械生物。
妹妹在复活节岛的守护战最为艰难。随着“混沌之卵”的接近觉醒，海面掀起数百米高的巨浪，机械章鱼的触手也开始攻击岛屿。她带领当地居民，用古老的祭祀仪式唤醒摩艾石像的力量。石像的眼睛发出金色光芒，与巨浪和机械生物展开对抗。
当三人带着圣物返回海底基地时，圆顶结构已完全冲破海床，漂浮在海面之上。“混沌之卵”的外壳开始出现裂痕，内部的胚胎即将孵化。白景明将万象之钥与七件圣物融合，引导出包含所有文明智慧与力量的光芒。光芒触及“混沌之卵”的瞬间，整个世界仿佛陷入了永恒的寂静。
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在光芒中，白景明看到了宇宙的过去与未来。他看到远古文明为了对抗熵增，创造了“混沌之卵”，却因力量失控导致文明毁灭；也看到了未来的无数种可能，其中一个画面里，机械文明与人类文明达成和解，共同探索宇宙的奥秘。当光芒消散，“混沌之卵”停止了孵化，化作一座漂浮在海面的巨型灯塔，向宇宙散发着和平的信号。
然而，在宇宙的某个角落，一个由机械残骸组成的巨大王座上，坐着一个模糊的身影。它手中握着一根权杖，杖头镶嵌着与万象之钥同源的黑色晶体。“有趣的实验品。”它的声音回荡在虚空中，“但游戏还远未结束。”与此同时，白景明手中的万象之钥微微发烫，钥匙表面的黑色裂痕中，隐约浮现出一只正在睁开的机械之眼。
混沌之卵化作灯塔后的第七个月圆之夜，全球候鸟迁徙路线出现惊人异变。北极燕鸥偏离千年航道，在南极上空组成巨大的三棱锥阵列；信天翁群以违背空气动力学的轨迹俯冲，喙中衔着刻满星图的金属薄片。白景明书房里的万象之钥突然悬浮旋转，表面的机械之眼纹路渗出银白色黏液，在地板上蜿蜒成世界候鸟迁徙地图，十七个黏液汇聚点，恰好对应着全球顶级生物实验室的位置。
"基因编辑数据库全部沦陷！"阿贵的怒吼从剑桥大学的生物安全实验室传来，全息投影里他的纳米战甲布满冰霜，"那些候鸟带来的金属片释放纳米病毒，把实验样本改造成...机械生命体！"妹妹的通讯紧随其后，她身处亚马逊雨林深处的土着部落，手中的古抄本正在自燃，灰烬中重组出用荧光绘制的警告："当飞鸟衔来末日之匙，血肉将熔铸为机械的赞歌。"
三人在世界卫生组织的地下应急中心会合时，通风管道传来诡异的刮擦声。监控屏幕上，十七座实验室的防爆门相继被突破，培养皿中的细胞以违背生